דוח המבקר הצביע על מספר בעיות מרכזיות, ביניהן הערכות שגויות של עלויות הפרויקט, קשיים בקביעת מאפייני המטוס ודרישות מרכזיות, וליקויים באפיון הדרישות הביטחוניות. המבקר הדגיש את הצורך בשקיפות מלאה ובהצגת נתונים מעודכנים לאורך כל שלבי הפרויקט, וכן המליץ על שילוב מוקדם יותר של גורמי ביטחון כמו השב"כ בפרויקטים עתידיים דומים.
הדוח חשף גם חריגות תקציביות משמעותיות. התקציב הראשוני של 590 מיליון ש"ח גדל באופן ניכר במהלך השנים, בעקבות שינויים בלתי מתוכננים ועיכובים. כמו כן, הפרויקט לא עמד בלוחות הזמנים המקוריים, כאשר מועד המסירה נדחה מספטמבר 2018 ליוני-יולי 2021. העיכובים הללו הובילו לעלייה משמעותית בעלות הטיסה הממוצעת במטוס החדש, מ-2.5 מיליון ש"ח ל-5.2 מיליון ש"ח.
למרות הביקורת, סא"ל במיל' איתן ליאל, מנהל מערך מטוס ראשי המדינה, הציג תמונה חיובית של ביצועי המטוס בטיסתו האחרונה. לדבריו, המטוס, שגילו 23 שנים, נמצא במצב תחזוקה מצוין עם תוחלת חיים צפויה של לפחות 20 שנה נוספות. ליאל הדגיש את היכולות הטכנולוגיות המתקדמות של המטוס, כולל מערכות תקשורת מתקדמות וחדר דיונים מאובזר.
ליאל גם ציין את החיסכון הכלכלי המשמעותי בשימוש במטוס "כנף ציון". לפי דבריו, בטיסה האחרונה לארצות הברית, עלות הטיסה הייתה פחות ממחצית מהצעת המחיר של חברת אל על לאותו מסלול. הוא הוסיף כי המטוס יוצא דופן באיכותו ובתחזוקתו, וציין כי ישראל מצטרפת ל-150 מדינות אחרות המחזיקות במטוס נשיאותי.
“לקחנו הצעת מחיר מאל על כי חששנו מבעיה שתצוץ. הצעת המחיר הייתה 980 אלף שקלים ללא הטיסה לפלורידה כשלעומת זאת במטוס כנף ציון העלות הייתה נמוכה בהרבה ויצא סך הכול, כולל הנסיעה הנוספת לפלורידה לפגישה עם הנשיא לשעבר דונלד טראמפ, 520 אלף שקלים”. סיפר מנהל מערך מטוס ראשי המדינה, סא”ל במיל’ איתן ליאל.
