הגירסה המקורית ביותר של יום ירושלים של ימינו החלה עוד לפני סיומה של מלחמת ששת הימים כשיומיים לאחר שחרורה של העיר הכריזה מועצת הרבנות הראשית על תפילה חגיגת מיוחדת שתתקיים בשבת הסמוכה (ב' בסיוון תשכ"ז, 10.6.1967). בהכרזתה הודיעה הרבנות הראשית כי תקיים בקרוב דיון על קביעת יום חג לשנים הבאות.
לאחר מכן, ב-13 לדצמבר 1967 קרא חבר הרבנים של אגודת הפועל המזרחי לקיים את יום החג בתאריך כ"ח באייר כשכך גם קבעה למעשה מועצת הרבנות הראשית ב-7 לינואר 1978: ”לקבוע את יום כ"ח אייר כיום הודיה להקב"ה על הנסים שקרו ושבאותו היום גם שוחררה ירושלים” (מתוך פרוטוקול הרבנות הראשית). בהמשך אותה שנה דנה הרבנות הראשית באופיו הדתי של היום וביקשה משר הדתות דאז, הרב ד"ר זרח ורהפטיג להביא את החלטתה אל מול הממשלה. בתחילה, הממשלה לא הביעה נכונות לקביעת יום חג אך ב-12 במאי קבעה גם ממשלת ישראל כי יום כ"ח באייר יהיה יום חגה של ירושלים ויסמל את הקשר ההיסטורי המיוחד של העם היהודי לעיר.
לקראת יום ירושלים הראשון בשנת 1968 תכננה המשמרת הצעירה של המפד"ל עצרת מרכזית ברחבת הכותל המערבי. לאירוע זה חלה התנגדות הן מצד ראש הממשלה לוי אשכול, שזימן אליו את אחד מראשי המשמרת, אליעזר שפר לשיחה בה דרש ממנו לבטל את ההעצרת והן מצד שרי המפד"ל. גם ראש העיר ירושלים סרב להשתתף בעצרת המתוכננת.
לאחר שמשטרת ישראל סירבה לאשר את אירוע העצרת, היגשו מארגניה עתירה לבג"ץ כשבסיוף הדין בבית המפשט הוכרע כי העצרת תתקיים אך תועבר לעיר העתיקה.
ביום כ"ח באייר תשכ"ח, ה-26 במאי 1968 נערכה עצרת יום ירושלים הראשונה בעיר העתיקה כשערות אלפי אנשים נכחו בה.
מיסודו המוחלט והסופי של החג בוצע על ידי הכנסת רק בשנת 1998 כשהכנסת אישרה את הצעת החוק – "יום ירושלים" שהגיש חבר הכנסת חנן פורת.
"עם מלאת 30 שנה לשחרורה ואיחודה מחדש של ירושלים בירת ישראל, יש מקום לציין זאת באופן ממלכתי כיום חג לאומי", נכתב בהסבר ההצעה. " את מהות ירושלים, רום התקוות ופסגת השאיפות, שאותה אנו מעלים על ראש שמחתנו, יש לציין ולייחד ביום המסמל את מרכזיותה בחיי עם ישראל אשר שב לארצו, הקים את מדינתו והכריז על ירושלים כבירתו הנצחית. יום מיוחד זה, יחזור וידגיש את אחדות כל העם והמדינה סביב ירושלים. מדינת ישראל כגורם המרכז את העם היהודי לתפוצותיו, תגבש ותעורר ביום זה את העם היהודי וכמיהתו לארצו, מדינתו ובנין בירתו. חוק זה דומה, מקביל ומשלים לחוק יום העצמאות."
כיום, יום ירושלים נחגג בכל רחבי המדינה כשהאירועים המרכזיים שבו הם העצרת שנערכת בערב יום ירושלים בישיבת מרכז הרב בהשתתפות אישי ציבור, טקס ממלכתי בגבעת התחמושת, אחד ממוקדי הקרבות המרכזיים בשיחרור העיר ואירוע "הריקודגלים" – תהלוכה של בני נוער המלווה בשירים וריקודים ממרכז העיר ועד לרחבת הכותל המערבי.
גם במדינות אחרות ברחבי העולם ישנו ערך ליום זה כשלקראת יום ירושלים ה-50 הכירה צ'כיה בירושלים כבירת ישראל ושנה לאחר מכן החליט נשיא פרגוואי דאז, הוראסיו קארטס להעביר את שגרירות מדינתו לעיר.
ביום כ"ח באייר נערך גם טקס לזכרם של יהודי אתיופיה שנספו בדרכם לארץ ישראל על מנת לסמל את כמיהתם של עולי אתיופיה לארץ ישראל ולירושלים.
